El gobernador constitucional C. Pedro Ogazón se encargará inmediatamente del poder. Se conceden amplias facultades al mismo C. Gobernador Pedro Ogazón en los ramos de Hacienda y Guerra para hacer frente a la guerra extranjera, por todo el tiempo que esta dure. La legislatura suspende sus funciones hasta que la cuestión extranjera quede arreglada.
El general dejó en claro que sus dificultades y problemas eran con el Congreso y no con los demás poderes; obvio que con el ejecutivo no, pues él lo encabezaba; tampoco con el judicial y en consecuencia expidió un decreto, publicado el 3 de marzo, en el que señalaba que el estado de sitio no coartaba de manera alguna las funciones de estos dos poderes; con excepción, en el caso del poder judicial, de los crímenes contra la seguridad nacional los cuales pasarían a ser competencia de los tribunales militares.
El estado de sitio entró en vigencia en todo su rigor; por disposición de las autoridades militares que habían asumido el control del estado: se prohibió transitar sin el debido pasaporte o portando armas; quienes infringieran estas disposiciones serían consignados; la multa por no portar o traer el pasaporte sería de diez pesos.
Sin tener ya que darle cuenta al Congreso, Ogazón se dio a la tarea de preparar el contingente militar que aportaría Jalisco al ejército federal para enfrentar la invasión francesa; tarea en la que fue entorpecido por la nueva ofensiva de Lozada; más no era ésta la única amenaza; otros guerrilleros conservadores como Remigio Tovar y el famoso Jesús Ruiz “Colimilla” también se levantaron en armas. Contra las fuerzas lozadeñas, Ogazón montó una segunda campaña al romper éstas los Tratados de Pochotitlán. Para su realización tuvo que comprometer muchos de los hombres, recursos y armas que prometió enviar al ejército de oriente.
La fuerza que cobraron los alzamientos desquició o puso en jaque al aparato militar jalisciense; al grado que Ogazón tuvo que recurrir al auxilio del gobernador de Guanajuato, Manuel Doblado. Este hábil político y militar escribió su nombre en los bronces del altar patrio al negociar con éxito, en los Tratados de la Soledad, la salida del contingente español e inglés, quedándose los franceses solos en la empresa de conquistar México.
Doblado llegó a Jalisco con 3000 hombres y al poco tiempo Juárez lo nombró gobernador y comandante militar; tomó las riendas del estado el 15 de noviembre de 1862. A los nueve días salió para Guanajuato dejando en su lugar, de manera interina, al licenciado Jesús López Portillo. Ya desentendido del gobierno de Jalisco, el general Ogazón desempeñó, de principio a fin, un destacado papel en la guerra contra el Segundo Imperio; le tocó asistir al último aliento del Trono de Maximiliano, en el episodio histórico conocido como el sitio de Querétaro, en 1867.
Al triunfo de la República fue magistrado de la Suprema Corte de Justicia de la Nación de 1868 a 1874. Se adhirió al Plan de Tuxtepec y combatió contra el gobierno del presidente Sebastián Lerdo de Tejada. Ocupó la Secretaría de Guerra y Marina de 1876 a 1878, durante los gobiernos de Porfirio Díaz y Juan N. Méndez. Volvió a ser magistrado de la Suprema Corte de Justicia de 1878 a 1883. Murió en Orizaba, Veracruz.