Una nueva controversia se abrió en la Reforma Judicial (ya en curso en algunos estados), cuando la Suprema Corte cuestionó la legalidad con la que el Tribunal Electoral del Poder Judicial ha determinado la no procedencia de amparos y ha pretendido descalificar a ministros para que participen en el pleno cuando este tema sea tratado.
El Tribunal Electoral, dominado por un bloque cercano a las posiciones del gobierno federal, indicó previamente que los ministros que habían criticado públicamente la Reforma Judicial no deberían participar en la discusión en el pleno.
Para la mayoría de los ministros, el argumento no tenía sentido, toda vez que lo que realmente se estaba tratando de fondo era el tema de amparos que se estaban incumpliendo y no la reforma judicial en sí.
Los amparos estaban dirigidos a impedir el proceso de selección de candidatos a jueces y magistrados en el orden federal, algo que el Tribunal Electoral destrabó con una sentencia sumaria. Para la Corte, el Tribunal procedió excediéndose en sus facultades.
Para ahondar el diferendo, también por mayoría de votos, el pleno de la Suprema Corte rechazó la solicitud del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación de que cuatro ministros fueran declarados impedidos para intervenir en torno a los amparos contra la Reforma Judicial.
Las ministras Yasmín Esquivel, Loretta Ortiz y Lenia Batres, alineadas a la reforma de la 4T, se vieron en minoría y no pudieron imponer sus argumentos para que cuatro de ellos no participaran en el proyecto para resolver un conflicto al interior del Poder Judicial.
El juez de Distrito Sergio Santamaría otorgó amparos para que suspendieran trabajos todas las autoridades, entre ellas el Comité de Evaluación del Poder Judicial, que debía integrar listados de candidatos a participar en la elección popular de jueces federales.