Ogazón remedió su comprometida situación política, para su fortuna, a mediados del año. El 8 de marzo de 1861 se convocó al pueblo Jalisco para elegir diputados. En su mayoría, el congreso quedó integrado por liberales radicales que, en sesión del 29 de julio, declararon gobernador constitucional a Pedro Ogazón e insaculados a Ignacio Vallarta, Anastasio Cañedo y a Gregorio Dávila.
Como lo hizo el Congreso de la Nación con el presidente Juárez; la diputación local le otorgó al gobernador facultades extraordinarias o siendo más precisos, le ratificó las que ya ejercía durante los años de guerra; facultades de las que hizo uso, meses atrás, para implementar en el estado algunas disposiciones presidenciales como las Leyes de Reforma. Por ejemplo, el 17 de mayo mandó publicar un bando donde se le daba plena vigencia y aplicación a un decreto expedido por Juárez, entre el 5 y el 7 de septiembre de 1860, en el que cedía a las comunidades indígenas la propiedad sobre las cofradías administradas por el clero. Dando cumplimiento, de una forma un tanto extemporánea, a esta disposición, Ogazón ordenó, a través del referido bando que:
Los jefes de los cantones en donde hubiere bienes conocidos con el nombre de “cofradías de indios”, nombraran luego que reciban este decreto, los comisionados que fueren necesarios para que de inmediato reciban bajo inventario esos bienes de las personas en cuyo poder estuvieren, para proceder luego a su reparto en los términos que demarca la ley.
El brazo derecho de Ogazón, Ignacio Luis Vallarta, estuvo con él durante años que combatió a los conservadores, en la Guerra de Reforma, y de nuevo lo acompañaba, como uno de sus más fieles y confiables colaboradores. Vallarta se desempeñó como secretario del despacho del ejecutivo y en más de una ocasión suplió, temporalmente, a Ogazón como gobernador; siendo la primera vez el 1 de agosto; día en que rindieron protesta los nuevos magistrados del Tribunal de Justicia. El primero de septiembre, Ogazón se reincorporó a su cargo.
Entre los meses de noviembre de 1861 y febrero de 1862, Ogazón estaba de nuevo en campaña contra Lozada. En su ausencia, la reforma del estado avanzó substancialmente gracias a los trabajos de la diputación local. El segundo de los tres poderes actuaba, hasta donde las leyes lo permitían, con autonomía y libertad al grado de que en muchas ocasiones entraba en conflictos con el ejecutivo al que reconocía como su igual en la conducción de los asuntos del estado y junto a él (es decir ni por encima ni abajo) gobernaba.
El 13 de diciembre de 1861, la diputación aprobó la Ley de ayuntamiento a través del decreto número 34, la cual le reconocía a estas corporaciones plena independencia para atender o manejar sus asuntos administrativos, salvándolas así de la injerencia o intromisión arbitraria de otros poderes más altos o ajenos. La ley representaba una aplicación de los principios federalistas a un contexto local; es decir, así como los estados exigían, de parte de los poderes federales, pleno respeto a su derecho a gobernarse, de la misma forma los ayuntamientos hacían suya esta demanda respectos a los poderes estatales; a quienes les reclamaban el derecho de auto-gobernarse, dentro los márgenes autorizados por la ley.
Al día siguiente, los legisladores reforzaron la reforma municipal con el decreto número 40 que establecía y reglamentaba las juntas cantonales. Los cantones eran divisiones políticas de carácter regional que agrupaban a un cierto número de municipios y ayuntamientos; la nueva ley les daba mayores atribuciones políticas y administrativas.
Ese mismo día, la diputación aprobó, también, la Ley de Hacienda de Jalisco, cuya aplicación se topó con una pertinaz resistencia, de parte de Ogazón y de Vallarta, hasta cierto punto justificada pues, como veremos más adelante, aunque en teoría la ley resultaba justa, en la práctica era sumamente perjudicial para las finanzas públicas.
Vallarta, en su calidad de gobernador sustituto, prefirió actuar con apego a la prudencia y se abstuvo de publicarla y sin más se la remitió junto con la Ley de las juntas cantonales a Ogazón, quien, como ya se mencionó, se encontraba en campaña contra las fuerzas lozadeñas.
Empezaban las fricciones entre el poder ejecutivo y el legislativo en el peor momento. A kilómetros de distancia, los puertos de Veracruz y Tampico eran amenazados por una fuerza multinacional integrada por Inglaterra, Francia y España. Daba inicio la segunda intervención francesa.
Esperando un tiempo prudente para que Vallarta o en su defecto Ogazón autorizaran la publicación de las leyes, el Congreso local, ante la falta de respuesta, mandó imprimir, el 20 de diciembre, 500 ejemplares de los tres decretos en los que se explicaba, en lo particular, el porqué de la Ley de Hacienda de Jalisco.
Una segunda ley avivara la tensión entre poderes: la Ley de enseñanza del Estado, aprobada 6 de enero de 1862, cuyo espíritu reformista la hacía la más revolucionaria y radical de las leyes educativas expedidas hasta aquellos entonces en el estado.
Al enterarse los diputados que el gobernador sustituto no había recibido ya debidamente impresa Ley de Hacienda, se la hicieron llegar para que sin más demora la mandara publicar.
Ni ésta ni la Ley de enseñanza de Jalisco lograban convencer al gobernador sustituto, pues las consideraba anticonstitucionales; en vez de arriesgarse publicándolas; el día 11 pidió autorización para no hacerlo; dos días más tarde, el gobierno le negó dicha autorización. Vallarta echó mano de su última y más desesperada opción: la de renunciar para salir de tan comprometida situación.
Al no poderse dirimir el asunto, los implicados prefirieron esperar a que regresara Ogazón; apostando a que él sí pudiera ponerle fin a la controversia. El 9 de febrero entraba triunfalmente el general Ogazón, tras dar por concluida la campaña contra Lozada. Una comisión lo buscó para ponerlo al tanto sobre la crisis política por la que atravesaba el gobierno y pidió, de paso, su parecer. El gobernador respondió como todo militar en campaña que, ante los rigores de la guerra, minimiza cualquier asunto extraño a las armas. Les dijo: que no había tenido tiempo de leer ninguna de las leyes que tanto revuelo habían ocasionado; pero, Vallarta y Caserta le había advertido que eran malas. Para no ser cuestionado más sobre el asunto, les dijo: que pediría licencia ocho días para organizar un contingente jalisciense que marcharía al oriente a sumarse a los ejércitos mexicanos que se preparaban para enfrentar a los invasores franceses.
El día 11 se le otorgó la licencia solicitada y para sustituirlo se eligió a otro de los insaculados, a Anastasio Cañedo. Antes, una nueva comisión se entrevistó para preguntarle si permitiría actuar, con libertad, al que sería nombrado gobernador sustituto para aprobar o no la publicación de las tan controversiales leyes. Les contestó que no se entrometería y dejaría a la conciencia del gobernador sustituto la decisión.
Se mandó llamar a Cañedo para que rindiera protesta; por falta de quórum quedó aplazada para el día siguiente. Cañedo rechazó el cargo y exhortó a los diputados a concederle facultades extraordinarias al gobernador.
En esta lucha entre poderes, ambas partes eran asistidas por buenas razones y podían, sin problema, justificar su intención de someter a su autoridad al otro. La posición del Congreso era, sin duda, la más idealista; a los diputados les apremiaba mantener la legalidad y salvar al estado de la dictadura. Por su parte, Ogazón, al parecer, sentía que los ideales democráticos, liberales y republicanos podían esperar para mejores tiempos; las circunstancias requerían de un gobernante que concentrara en su persona todas las facultades y poderes del estado. Al final la postura del gobernador fue la que se impuso.
El general Ogazón le solicitó a Juárez que declarara en estado de sitio a Jalisco; lo cual implicaba la suspensión de las garantías individuales y la disolución del Congreso. El presidente aprobó su petición y el 14 de febrero lo nombró gobernador y comandante militar. El decreto salió publicado en un bando fechado el 1 de marzo de 1862; en él se declaró, según lo acordado entre el presidente y el gobernador, que Jalisco quedaba en estado de sitio y que: “La autoridad militar nombrada por el gobierno general, reasumiría en consecuencia, los mandos político, civil y militar”.
El proceder del gobernador, obviamente, disgustó a los legisladores y no esperando que el hecho se concretara, se le adelantaron decretando ellos mismos la concesión de facultades y la disolución temporal del congreso.
En el decreto número 53, con fecha del 12 de febrero de 1862, anunciaban la derogación del 52, en el que se concedía al gobernador una licencia de ocho días quedando como interino Anastasio Cañedo.